CIPS projekt

03/07/10

Home
CV
Ung Eliteforsker
CIPS projekt
Fusarium
Mykotoksiner
Ordblindhed

 

 

Kimæriske iterative polyketid syntaser

(Kimærisk = sammensatte, iterativ = gentagelse, polyketid = stof opbygget af -CH2-CO- enheder, syntase = enzymer der danner stoffer)

 

 

Dette projekt er finansieret af det danske forskningsråd for Teknologi og Produktion (FTP) og udføres ved Center for Mikrobiel Bioteknologi (CMB), Institut for System Biologi, Danmarks Tekniske Universitet (DTU) som et 3-årigt Post.doc projekt.

 

Projektets formål er at udvikle en teknologisk platform (en metode) til identifikation og produktion af nye biologisk aktive stoffer med specielt fokus på nye antibiotika. Den drivende ide for projektet er at kombinere katalytiske egenskaber fra naturlige enzymer på nye måder og derved få dem til at danne nye stoffer. 

 

 

På disse sider kan du læse mere om baggrunden for projektet

bullet

Baggrund - behovet for nye antibiotika

bullet

Baggrund - polyketid syntaser

bullet

Beskrivelse af projektet
 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Baggrund - behovet for nye antibiotika

 

Dr. Alexander Flemings opdagelse af penicillin i 1928 muliggjorde behandlingen af ellers livstruende bakterieinfektioner. Siden da er utallige nye antibiotika blevet identificeret, hvilket har betydet at vi i den vestlige verden i dag tager det for givet at bakterielle infektionssygdomme let kan kureres.

Denne sikkerhed er dog truet af årtiers meget omfattende brug af antibiotika til ikke-medicinske formål, såsom vækstfremmer i dyrehold og akvakulturer, kombineret med forkert administration af antibiotika under behandling af mennesker. Dette har medført udvikling og spredning af antibiotikaresistens blandt sygdomsforårsagende bakterier.

Ved antibiotikaresistens forstås bakteriers evne til at modstå de skadelige effekter et antibiotikum normalt påfører ikke-resistente bakterier.

Der findes som nævnt mange forskellige antibiotika og disse er giftige for bakterier på forskellige måder, derfor vil antibiotika resistens mod en type antibiotika ikke beskytte bakterien mod alle former for antibiotika. Antibiotika kan inddeles i forskellige grupper på basis af deres virkemåde, altså hvilke biologiske processer de ødelægger i de bakterier de rammer. Hvis to forskellige antibiotika har samme virkemåde forøges sandsynligheden for at udvikling af resistens mod det ene stof også vil gøre bakterien resistent over for det andet stof (kendt som krydsresistens).

 

Udvikling af antibiotikaresistens

Bakteriers udvikling af antibiotikaresistens er en naturlig proces der altid har fundet sted. I naturen finders der nemlig mange forskellige mikroorganismer der danner antibiotiske stoffer med det formål at bekæmpe konkurrenter, og derved få en fordel i kampen om ressourcer. Det betyder at bakterier der allerede har resistens, eller som udvikler modstandsdygtighed overfor antibiotika vil klare sig bedre i konkurrence med andre mikroorganismer.

 

Udviklingen af antibiotikaresistens følger de gængse spilleregler for evolution, hvor nøglebegrebet er ”overlevelse af de(n) bedst egnede”. Evolutionsprocessen består essentielt set af to hovedfaktorer: Diversitet og Selektionstryk. Ved diversitet forstås forskelligheden i hvilke egenskaber individerne i en population har, fx antibiotika resistens vs. sensitivitet. Mens selektionstryk betyder de faktorer, typisk ydre, der har betydning for hvordan de forskellige individer i en population klarer sig, fx om der er antibiotika i det miljø populationen lever i.

 

Normalt spiller sex en meget vigtig rolle for en arts evne til at tilpasse sig ændringer i miljøet. Årsagen er at sex giver mulighed for let at skabe nye kombinationer af gener (eller mere nøjagtigt nye versioner af gener kaldet alleler), ved at blande to forskellige genomer (halvdelen fra faderen og halvdelen fra moderen) hvorved der opstår en ny kombination af gener. Denne nye kombination som afkommet har, er forskellig fra den begge forældrene har.

Bakterier har ikke sex og de må formere sig ved at lave en så nøjagtig kopi af sig selv som muligt. Under kopieringsprocessen sniger der sig en gang imellem små fejl ind, kaldet mutationer. Da bakterier typisk har en kort generationstid og en høj mutationsrate, sammenlignet med andre organismer, kan de hurtigt ophobe mutationer. Dette kan være en fordel, da mutationer er selve råstoffet for udvikling/evolution - for uden forskellighed er der jo ingen der kan klare sig bedre end andre, hvis miljøet ændrer sig.

 

Mutationer kan have en negativ, neutral eller positiv effekt for bakteriens evne til at overleve og konkurrere med andre bakterier, både fra andre arter og indenfor samme art. Mutationer med en negativ effekt vil betyde at bakterien vil klare sig dårligere i forhold til andre bakterier, hvorfor den vil forblive sjælden og højst sandsynlig uddø med tiden. Positive mutationer vil derimod betyde at bakterien vil klare sig bedre end sin konkurrenter, og dermed overleve og få flere efterkommere. Neutrale mutationer har umiddelbart ingen effekt på hvordan bakterien klarer sig, men det er vigtigt at huske at effekten af en mutation kan være forskellig fra miljø til miljø. Så en neutral mutation kan blive positiv, negativ eller forblive neutral hvis miljøet ændrer sig. Der er eksempelvis ikke nogen umiddelbar fordel ved at kunne beskytte sig mod et antibiotikum hvis man ikke udsættes for det. På den anden side kan det være godt at have denne egenskab, hvis der pludselig dukker en konkurrent op der kan producere det pågældende antibiotikum.

 

For at en mutation skal blive succesfuld (få stor udbredelse) skal der findes et selektionstryk der favoritiserer individer der har mutationen. Hvis vi forestiller os en population af bakterier hvor nogle få individer har en mutation der gør dem resistente overfor et antibiotika, men som også betyder at de deler sig lidt langsommere end de øvrige i population. Hvis population ikke udsættes for antibiotikaet vil individerne med resistensen blive udkonkurreret og forsvinde. Men hvis populationen udsættes for store mængder af antibiotikaet vil alle de sensitive bakterier dø (eller klare sig dårligere), mens de resistente bakterier vil overleve, da de er bedre tilpasset det nye miljø. I tilfældet med antibiotikaresistens er det let at få øje på fordelen, mens det i andre tilfælde kan være meget svært at indse hvilke fordele en given egenskab giver bæreren i forhold til andre individer i en population. Og nogle gange er forklaringen at egenskaben ikke giver en fordel, men at den optræder sammen med (er koblet til) en anden egenskab der giver en fordel (se senere).

 

 

Overførsel af antibiotikaresistens

I forbindelse med antibiotikaresistens er det vigtigt at skelne mellem to basalt forskellige typer af resistens: 1) ændring af den biologiske proces antibiotikummet virker på og 2) pro-aktiv resistens hvor bakterien opnår evnen til at inaktivere antibiotikummet. De fleste antibiotika virker ved at binde til/reagere med bestemte proteiner/molekyler i bakterien, for derved at inaktivere dem eller ændre deres aktivitet så de ikke virker normalt. I type 1 resistens sker der en ændring i bakterie proteinet så antibiotikummet ikke længe kan påvirke det, hvilket betyder at bakterien bliver resistent. I pro-aktiv resistens (type 2) opnår bakterien evnen til at ændre på antibiotikummet eller pumpe det ud af bakterien, så det ikke længere kan påvirke bakterien negativt. Type 1 resistens skyldes oftest mutationer i dele af cellens centrale apparatur, mens type 2 resistens skyldes ændringer i eksisterende beskyttelses systemer. Generne der muteres (ændres) i type 1 resistens findes typisk på bakteriens kromosom og er essentiel for cellens overlevelse, mens generne der er involveret i type 2 resistens typisk findes på små cirkulærer DNA stykker, kaldet plasmider.

 

Når en mutation med en positiv effekt, eks. antibiotikaresistens, er opstået i en bakteriecelle kan den nogle gange overføres til en anden bakteriecelle. Dette sker via en proces der kaldet konjugation. Ved konjugation danner to bakterieceller en direkte forbindelse mellem sig og kan derved overføre arvemateriale (DNA). Dette kræver dog i de fleste tilfælde at genet der koder for den positive egenskab findes på et plasmid. Konjugation er et godt alternativ til sex, da det tillader en bakterie at dele sin nyvundne egenskab med andre individer i populationen og ikke kun med sine efterkommere, som det er tilfældet ved sex.

 

Multiresistens

Når en bakterie er resistent overfor mange forskellig typer af antibiotika kaldes den for multiresistent, også kendt som multi-drug-resistance (MDR). Denne situation kan eksempelvis opstå hvis flere antibiotika resistens gener havner på samme plasmid, hvorved resistens generne bliver koblede (rent arvemæssigt). Koblingen betyder at de resistens gener på plasmidet der ikke giver en umiddelbar fordel i det miljø bakterien lever, vil blive bevaret så længe et af de andre resistens gener på plasmidet giver en fordel. Andre typer af resistens, såsom tungmetalresistens kan forekomme på samme plasmider som antibiotika resistens. En situation der betyder at der kan opstå ”super” resistens plasmider, der kan beskytte bakterien mod alle mulige forskellige farer.

Da vi kun har et begrænset antal antibiotika der kan bruges til behandling af infektionssygdomme i mennesker, dels pga bivirkninger og krydsresistens, udgør multiresistente bakterier et stort problem. Populært sagt så er vi ved at løbe tør for antibiotika til behandling af infektioner, da nogle bakterier er resistente over for stor set alle anvendte antibiotika.

 

Hvordan havner flere resistens gener på samme plasmid? Det er vigtigt at huske at arvemassen (DNA’et) ikke er uforanderligt og at gener nogle gang bytter plads eller flyttes mellem bakteriens kromosom og evt plasmider der findes i cellen. Hvilket gør det muligt at flere resistens gener kan havne på samme plasmid.  

 

 

Hvorfor har vi nu pludselig problemer med at behandle bakterieinfektioner?

De sidste mange års liberale brug af antibiotika som vækstfremmer i landbruget har betydet at bakterier har været udsat for et konstant antibiotikum selektionspres, hvilket har fremmet udviklingen og spredningen af antibiotikaresistens gener – da der har været en fordel ved at være resistent.

Begrebet vækstfremmer dækker over rutinemæssig tilsætning af forskellige stoffer til produktiondyrs foder for at øge deres tilvækst og sænke foderforbruget og den tid det tager for at opnå slagtevægt. Antibiotika kan bruges som meget effektive vækstfremmere, og virker blandt andet ved at forebygge smitsomme sygdomme i husdyr besætninger. I Danmark er det ikke længere tilladt at bruge antibiotika til dette formål, men stofferne bruges forsat mange steder i verden. I stedet for antibiotika bruger man i dag probiotiske mikroorganismer eller enzymer der hjælper produktionsdyrerne med at nedbryde foderet bedre hvorved det udnyttes bedre. Der bruges dog stadigt store mænger antibiotiske stoffer til behandling af syge dyr og i mange tilfælde behandles hele dyrebesætninger, selv om kun få dyr er syge, med det formål at forhindre at raske dyr smittes.

Det er sjældent at bakterier der forårsager sygdomme i produktionsdyr også kan gøre mennesker syge, hvorfor man skulle tro at landbrugets brug af antibiotika som vækstfremmer ikke skulle have den store betydning for vores evner til at behandle bakterielle infektioner i mennesker. Bakteriers evne til at overføre resistens gener via konjugation betydet dog at antibiotika resistens der er opstået i ikke human patogene bakterier kan overføres til human patogene bakterier. 

 

Landbruget bærer ikke hele skylden for vores nuværende problemer med antibiotikaresistente bakterier i sundhedsvæsenet. Også inden for sundhedssystemet er antibiotiske stoffer ikke altid blevet brugt fornuftigt. Nogle gange bruges der for lav dosis eller behandlingen afbrydes for tidligt, enten fordi patienten føler sig rask eller ikke har råd til at forsætte behandlingen, hvilket specielt er et problem i tredje verdens lande.

Både for lav dosis og afkortet behandling øger sandsynligheden for at resistens opstår. Dette skyldes dels at fuld resistens sjældent opstår med en enkelt mutation, men udvikles gradvis gennem ophobning af flere gavnlige mutationer. Delvist resistente bakterier vil kunne overleve lave antibiotika koncentrationer, mens de ikke resistent bakterier i populationen vil dø eller bliver hæmmet. En situation der giver de delvist resistente bakterier en fordel, hvorfor de vil blive dominerende i populationen. I starten af behandlingen vil patienten få det bedre da antallet af bakterier falder, men efter noget tid vil antallet af de delvist resistente bakterier være så stor at sygdommen igen vil tage til i styrke. Den lave dosis fremmer altså forekomsten af delvis resistente bakterier og øger sandsynligheden for at fuld antibiotika resistens opnås. 

 

Da man først indså problemet med antibiotika resistens og multiresistens forsøgte man på globalt plan at reservere en række antibiotika. Meningen var at disse antibiotika kun skulle bruges som sidste udvej til behandling af patienter der var inficeret med multiresistente bakterier. Håbet var at man ved at begrænse deres brug kunne forhindre udviklingen af resistens, ved at sikre at bakterierne ikke blev udsat for stofferne og dermed ikke fik mulighed for at udvikle resistens.

 

Det nok bedst kendte eksempel på udvikling af multiresistens hos en human patogen bakterie er Staphylococcus aureus (også kaldet gule stafylokokker), der blandt andet forårsager alvorlige infektioner i operationssår. S. aureus blev først resistent overfor penicillin, så methycillin og senest vancomycin. Vancomycin var ellers et af de stoffer man havde reservert til behandling af multi-resistente bakterier, men i 2002 blev de første tilfælde af vancomycin resistente S. aureus rapporteret. Man har siden udviklet en række antibiotika der kan bruges til behandling af S. aureus infektioner, så som linezolid, dalfopristin/quinupristin og daptomycin.

 

Forsøg på at løse problemet med multiresistente bakterier:

Udviklingen af antibiotika med nye virkemåder er en dyr affære, og de fleste private farmaceutiske firmaer har valgt ikke at satse på dette område, da det vil være svært at tjene de investerede penge ind igen. I starten af 2000’erne erkendte nationale og internationale institutioner at der var et behov for en offentlig indsats på dette område. Disse initiativer resulterede i en række handlingsplaner og anbefalinger, såsom at forbruget af antibiotika generelt skulle reduceres, at der skulle udvikles bedre patient behandlingsplaner og metoder til at bremse smitten fra syge til raske mennesker. I EU forbød man brugen af en række vækstfremmere, og indførte strengere regler for hvornår antibiotika må udskrives til mennesker og dyr. Dette har betydet at det totale antibiotika forbrug er faldet og at problemerne med multiresistens er blevet begrænset.

Dette er dog ikke tilfældet i udviklingslande, hvor begrænsede økonomiske midler og problemer med selvmedicinering, betyder at disse lande nu udgør hot-spots for udvikling af nye typer af resistens og multiresistens. Globaliseringen og vores øgede rejselyst betyder at de vestlige lande med tiden vil arve disse problemer.

 

Denne menneskeskabte resistens samt det naturlige evolutionære drive der findes for at udvikle resistens betyder at der er et behov for at identificere og/eller udvikle antibiotika med nye virkemåder. Og så skal vi sikre at disse nye stoffer ikke misbruges.

 

 

(Tilbage til toppen)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Baggrund - Polyketid syntaser

 

Langt de fleste proteiner/enzymer der findes i naturen udfører en bestemt funktion, såsom at pumpe et stof over en membran, binde flere proteiner sammen eller at fremme (katalysere) en kemisk reaktion. Evnen til at katalysere en kemisk reaktion er typisk koblet til en meget lille del af enzymet, kaldet det aktive sted (active site på engelsk). Funktionen af det aktive sted er at positionere substraterne (de stoffer der skal reagere med hinanden) rigtigt i forhold til hinanden og i forhold til de nøgle-aminosyrer i enzymet der katalyserer reaktionen. Ofte katalyseres selve reaktionen kun af 2-3 aminosyrer i det aktive sted, mens funktionen for resten af aminosyrerne i enzymet (typisk flere hundrede) er rent strukturelt. 

 

I naturen findes der også enzymer der kan udføre flere forskellige opgaver, disse kaldes multizymer (multi = mange, zymer = enzymer). Multizymer indeholder mange aktive steder, der hver især kan katalysere én kemisk reaktion. Et eksempel på dette er de enzymer der er ansvarlige for at danne polyketider (poly = mange, ketid = -CH2-CO- enhed), disse enzymer kaldes polyketid syntaser (synt = syntese, dannende, -ase = enzym).

 

Polyketider er små kemiske forbindelser der er opbygget af ketid enheder -CH2-CO- (se figuren herunder). Disse stoffer dannes af bakterier, planter og svampe, men ikke dyr. Specielt skimmelsvampe danner mange forskellige polyketider. Mange af disse stoffer er biologisk aktive og de organismer der danner dem, bruger dem til at påvirke andre organismer i det miljø de lever i. Bioaktiviteten kan enten bestå i at stofferne hæmmer eller dræber andre organismer (toksiner og antibiotika) eller de kan virke som signal molekyler der giver mulighed for at individer af samme art kan kommunikere.

 

 

           FIGUR MED POLYKETID STRUKTUR

Der findes flere forskellige typer af polyketid syntaser og de inddeles typisk i tre hovedgrupper (I, II og III) på baggrund af hvordan de er opbygget og måden de syntetiser polyketider. Type I polyketid syntaser er multizymer, mens type II og III består af protein komplekser (flere enzymer der går sammen) og de vil ikke blive beskrevet her.

Type I polyketid syntaser kan opdeles yderligere i to grupper, der henholdsvis kaldes "modulære" og "iterative" Type I polyketide syntaser (Modulær = opbygget af moduler, Iterativ = gentagende). Alle type I polyketid syntaserne kan katalysere følgende kemiske reaktion, hvor produktet er bundet til enzymet (E):

 

     Reaktion 1:

        

             

Dette kræver tre aktive steder: Keto-syntase (KS), Acyl-transferase (AT) og Acyl-Carrier-Protein (ACP). Acyl-transferase delen står for at loade substrater (acetyl og malonyl) ind i enzymet, Acyl-Carrier-Protein delen indeholder en fleksibel arm der kan flytte substrater og de resulterende produkter rundt mellem de andre aktive steder i enzymet, mens Keto-syntase delen katalyser selve reaktionen (reaktion 1).

I det følgende findes først en beskrivelse af modulære polyketid syntaser og efterfølgende iterative polyketid syntaser. Jeg har valgt at inkludere en gennemgang af de modulære enzymer, selv om de ikke findes i svampe, fordi de er de bedst karakteriserede polyketid syntaser og det meste af den viden vi har om iterative enzymer er overført fra de modulære. Desuden er de modulære enzymer umiddelbart lidt lettere at forstå end de iterative.

 

Modulære Type I polyketid syntaser:

Modulær Type I polyketid syntaser indeholder flere KS-AT-ACP moduler der er placeret efter hinanden:

           Modul 1          Modul 2           Modul 3

    KS-AT-ACP-KS-AT-ACP-KS-AT-ACP

 

 

Denne opbygning tillader enzymet at udføre koblede reaktioner, hvor produktet fra modul 1 gives videre til modul 2 hvor det virker som substrat for en ny reaktion. Produktet fra modul 2 kan så igen gives videre til modul 3, hvor det så kan bruges som substrat og så videre.

 

   I modul 1:   Substrat1 + Substrat2  -> Produkt1

   I modul 2:                     Substrat2  +  Produkt1  -> Produkt2

   I modul 3:                                          Substrat2 + Produkt2  -> Produkt3

 

Denne opbygning resulterer i lange kæder opbygget af -CH2-CO- enheder (den første enhed er dog en CH3-CO- enhed).

 

 

De beskrevne reaktioner, hvor små enheder bestående af to kulstofatomer sættes sammen til lange kulstofkæder, kaldes for en polymerisering. Polymerisering af simple molekyler til store komplekse molekyler kendes fra mange andre typer af biologiske molekyler, såsom proteiner (hvor de tyve forskellige aminosyrer sættes sammen) eller DNA (hvor de fire forskellige nukleinsyrer sættes sammen til lange kæder). I disse to tilfælde stammer diversiteten i de resulterende molekyler (protein og DNA) fra hvilke enheder de er opbygget af og rækkefølgen de enkelte enheder sidder i.

 Dette er også tilfældet for polyketider, hvor forskellige typer af substrater kan samles og derved påvirkes hvordan det endelige polyketid molekyle kommer til at se ud.

 

Der findes dog andre og vigtigere kilder til kemisk diversitet i polyketider: Fx 1) keton-grupperne (=O) der findes på hvert andet kulstofatom kan modificeres, 2) længden af polyketidet kan variere, 3) påsættelse af -CH3 eller -CH2CH3 grupper på de forskellige kulstofatomer. 4) Keton grupperne kan reduceres i forskellige grader, hvilket afhænger af tre "nye" aktive steder: keto-reduktase (KR), dehydratase (DH) og enoyl-reduktase (ER), der katalyser følgende reaktioner.

 

De tre aktive steder der modificer keton-grupperne virker altid i samme rækkefølge (KR->DH->ER), men det er ikke altid at alle tre findes i samme modul. Dette betyder at ketid-enheder i samme polyketid kan se meget forskelligt ud:

 

 

Ingen modificerende moduler:

-CH2CO-

 

KR aktivt sted:                       

-CH2CHOH-

 

KR og DH aktive steder:           

-CH=CH-

 

KR, DH og ER aktive steder:    

-CH2CH2-

 

For modulære polyketid syntaser er det muligt at forudsige en række egenskaber ved produktet, ved at analysere rækkefølgen af de forskellige aktive steder der findes i enzymet. Længden af polyketidet kan for eksempelvis forudsiges ved at tælle antallet af moduler eller mere præcist antallet af AT domæner.

 

Da  modulerne i en modulær polyketid syntase altid virker i samme rækkefølge (fra starten af enzymet kaldet N-terminalen til slutningen af enzymet kaldet den C-terminal ende) og kun bruges en gang, kan man også forudsige hvordan de enkelte ketid enheder i det endelige produkt vil se ud, ved at kigge på hvilke aktive steder der findes i de enkelte moduler.

 

 

Figuren herunder viser hvordan den voksende polyketid-kæde bevæger

sig fra modul til modul. Kæden er bundet til enzymet via en thioester

binding til ACP domænets fleksible arm. Det er det samme enzym der

er vist tre gange, men i forskellige stadier af syntesen.

 

 

 

Udover de centrale moduler indeholder modulære polyketid syntaser også et loading modul (LD) og et frigivelses modul (thioesterase = TE). Loading modulet er ansvarlig for at den første enhed af polyketid-kæden, kaldet starter-enheden, kommer ind i enzymet. Mens frigivelses modulet er ansvarlig for at frigive det færdige produkt fra enzymet.

  

På baggrund af dette ville en modulær polyketid syntase med følgende opbygning:

 

 

 

    Give følgende produkt:

 

      

      (bemærk at KR og DH virker på den keton-gruppe der er inkorporeret af det foregående modul)

 

 

 

Iterative polyketid syntaser

 

Iterative polyketid syntaser kan essentielt set det samme som beskrevet ovenfor for de modulære polyketid syntaser - de adskiller sig dog ved kun at bestå af et enkelt modul! De aktive steder i dette enkelte modul kan til gengæld genbruges flere gange under syntesen af et produkt. Den voksende polyketid-kæde præsenteres af ACP domænets fleksible arm for de forskellige aktive steder i en forudbestemt rækkefølge. Hver gang den voksende polyketid-kæde bliver præsenteret for keto-syntase domænet vil det få påsat en ny ketid-enhed og dermed vokse i længden med to kulstofatomer. Hver runde hvor de forskellige aktive steder virker kaldes for en iteration (gentagelse), hvilket har givet navn til denne enzym gruppe.

 

 

 

Sammenligning af hvordan produktet bevæger sig i henholdsvis en modulær og iterativ polyketid syntase (kun de mest essentielle aktive steder er vist i figuren). Det enkelte strukturelle modul der findes i iterative enzymer kan opføre sig forskelligt fra iteration til iteration hvorfor et kan betragtes som flere funktionelle moduler.

 

 

Dette betyder at der for disse enzymer ikke er en sammenhæng mellem antallet af moduler/aktive steder og længden på det færdige produkt.

 

Ligesom de modulære enzymer kan iterative polyketid syntaser også indeholde modificerende aktive steder. Det lidt specielle er at disse ikke nødvendigvis bruges i hver iteration enzymet gennemfører. Så produkterne af disse enzymer kan lige som produkterne af de modulære polyketid syntaser også indeholde ketid-enheder med forskellige modificeringer af keton-grupperne. På basis af dette kan det enkelte strukturelle modul som iterative enzymer består af betragtes som flere funktionelle moduler der kan opfører sig forskelligt fra iteration til iteration.

  

På nuværende tidspunkt er det ikke muligt, på basis af en iterativ polyketid syntases opbygning, at forudsige produktets længde eller hvilke modifikationer de enkelte ketid-enheder i produktet vil have. I øjeblikket arbejder flere internationale forskergrupper dog på at løse dette problem. De foreløbige resultater tyder på at man måske kan forudsige længden af produkterne ved at analysere hvor meget plads der er i det aktive site af de forskellige enzymer.

 

De iterative polyketid syntaser kan opdeles i flere undergrupper på basis af hvilke modificerende aktive steder de indeholder og dermed hvordan deres produkter ser ud:

 

     Ikke-reducerende:    SAT-KS-AT-PT-ACP-TE

     Reducerende:           KS-AT-KR-(DH)-(ER)-ACP-TE

 

 

Reducerende iterative polyketid syntaser

Produkterne af disse enzymer er typisk lineære molekyler hvor keton grupperne er blevet reduceret i forskellige grader.

 

Ikke-reducerende iterative polyketid syntaser

Produkterne fra disse enzymer indeholder keton-grupper på hvert andet kulstof-atom. Da disse grupper let reager med andre atomer, sker der typisk reaktioner mellem keton grupper og kulstofkæden hvilket resulter i dannelsen af små ring-strukturer, kaldet aromatiske ringe. Disse polyaromatiske stoffer er typisk stærk farvede og virker som pigmenter.

 Denne gruppe af polyketid syntaser indenholder nogle specielle aktive steder der ikke findes i de andre typer af enzymer. SAT (starter unit acyl-transferase) er ansvarlig for at loade første ketid-enhed og PT (produkt form) dikterer hvordan polyketid-kæden folder sig og dermed hvilke keton-grupper der reager med kulstof-atomerne i polyketid-kæden.

  

 (Tilbage til toppen)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Beskrivelse af projektet

 

Ideen med CIPS projektet er at danne nye stoffer ved at kombinere aktive steder fra naturlige polyketid syntaser på nye måder. Ideen udspringer fra den erkendelse at naturlige enzymer med samme kombination af aktive steder godt kan producere vidt forskellige stoffer. Nedenfor vises et par eksempel på dette.

 

 

Polyketid syntaserne fra filamentøse svampe, der er ansvarlige for dannelsen af en række pigmenter og mykotoksiner. Enzymerne har samme aktive steder men deres produkter varierer både mht. længde, foldningsmønster af polyketidkæden og hvilke substrater der kondenseres. 

 

Kimærisk betyder sammensat eller sammenbragt. De aktive steder i iterative polyketid syntaser kan sammenlignes med farvede klodser der hver har en egenskab. Ved at samle klodser fra mange forskellige naturlige enzymer og efterfølgende sætte dem sammen på nye måder vil man få nye enzymer. Ideen er at samle disse klodser på en tilfældig måde og derved få dannet en masse forskellige kombinationer af klodser (egenskaber). Af de nye enzymer vil en del være funktionelle og kunne danne nye stoffer.

 

Samlingen af dissee nye enzymer vil ske i bagegær (Saccharomyces cerevisiae) da de er lettere at arbejde med i laboratoriet og ikke selv producerer antibiotiske stoffer. Hver samlingsproces (kaldet en kloning) vil resultere i en masse gærstammer, der hver især indeholder en ny kimærisk polyketid syntase. De enkelte gærstammer vil derefter blive undersøgt for om de danner bioaktive stoffer der kan hæmme forskellige bakteriearters vækst.  

 

(Tilbage til toppen)

 

 

 

   

        

 

Home | CV | Ung Eliteforsker | CIPS projekt | Fusarium | Mykotoksiner | Ordblindhed

Dette sted blev sidst opdateret 03. July 2010